Коллегиальный орган управления университетом, создание которого является обязательным для автономных учреждений. Сформирован приказом Минобрнауки России от 01 июня 2015 года № 553.
Состав наблюдательного совета
Развожаев Михаил Владимирович
Должность: Губернатор города Севастополя - председатель наблюдательного совета СевГУ
Даутов Рустем Максудович
Должность: врио директора Департамента бюджетных инвестиций Министерства науки и высшего образования Российской Федерации.
Крадышева Виктория Викторовна
Должность: заместитель директора по учету и распоряжением имуществом Дирекции экономики, учета и финансов Севастопольского государственного университета
Кашкаров Павел Константинович
Должность: помощник президента Национального исследовательского центра "Курчатовский институт"
Коновалов Сергей Карпович
Должность: директор Морского гидрофизического института РАН

Матушанский Алексей Владимирович
Должность: директор департамента стратегического развития и корпоративной политики Министерства промышленности и торговли Российской Федерации
Омельчук Андрей Владимирович
Должность: заместитель Министра науки и высшего образования Российской Федерации
Осипов Игорь Владимирович
Должность: командующий Черноморским флотом, адмирал
Рахманов Алексей Львович
Должность: президент АО «Объединённая судостроительная корпорация» (ОСК)
Бровко Василий Юрьевич
Должность: директор по особым порученим Государственной корпорации «Ростех»
Шатохин Андрей Викторович
Должность: генеральный директор акционерного общества «Концерн «Океанприбор»